Alignment
R package TimeShift

Software aligning two time series data of gene expression

MIMO

An efficient tool for Molecular Interaction Maps Overlap

BinAligner

A software for biological network alignment

Face Analysis

Software for 3D facial image alignment

LiftOver

LiftOver 用于转换不同基因组装配(assemblies)的基因组坐标范围及注释文件

bgzip_tabix

用于高通量测序数据索引的建立,方便大数据的处理

GATK

用于高通量测序数据的处理,如去重复,再比对,碱基质量矫正,突变文件的分型等

Samtools

用于高通量测序数据处理的工具包,如读取,写入,编辑,建立索引,查看等

Bowtie2

用于将二代测序的RNA短序列定位到参考基因组上。

BWA

用于将二代测序的DNA短序列定位到参考基因组上

GTOOL

用于高通量测序数据处理的工具包,如读取,写入,编辑,建立索引,查看等

VCFtools

VCFtools用于处理VCF文件(比如千人基因组产生的数据),提供了简易可行的方法处理复杂的遗传变异数据。

MUSCLE

进行多序列比对

T-Coffee

进行多序列比对

Segemehl

将测序的读序比对到基因组或转录组上

MapSplice

将测序的读序比对到基因组或转录组上

STAR

将测序的读序比对到基因组或转录组上

TopHat

将测序的读序比对到基因组或转录组上

Clustal Omega ClustalW ClustalX MUSCLE T-Coffee Dialign

比对DNA、RNA或氨基酸序列数据

Assembly
Scripture

将测序的读序片段拼接成长的转录本

Trinity

将测序的读序片段拼接成长的转录本

Cufflinks

将测序的读序片段拼接成长的转录本

Modification
BMIQ

Beta Mixture Quantile Normalisation Method for Illumina Infinium 450k Methylation Beadchips

MICC

对于获得的ChIA-PET基因组区域相互连接频数数据,利用贝叶斯混合模型系统性的去除掉实验中桥联引物随机连接和碰撞引起的噪声数据,获得统计上较为显著的染色体相互连接区域

ChiaSig

对于获得的ChIA-PET染色体区域相互连接频数数据,在利用偏心超几何分布统计模型的基础上,考虑了染色体相互连接区域的距离这一因素,获得统计上比较显著的染色体相互连接区域

HiTC

对基于3C的高通量数据,实行数据导入,数据格式转化,数据标准化处理,数据注释和数据可视化等操作的综合软件包

HiCNorm

基于Hi-C实验中得到的染色体相互连接矩阵,通过泊松回归的方法消除原始相互连接矩阵中的系统误差,得到标准化的染色体相互连接矩阵

BSMAP

分析重亚硫酸盐测序法所得全基因组DNA甲基化数据,将测序读本比对到目标基因组上,并计算每个胞核嘧啶碱基的甲基化比率

Cistrome

用于整合分析转录调控相关数据的网络服务器,涵盖ChIP-Seq数据的峰识别、基因组分布统计和样本间信号关联等初步分析

ChromHMM

整合多组染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)实验数据,识别所针对的多个蛋白质在基因组上的组合结合模式

ChIA-PET Tool

对获得的ChIA-PET测序数据,经过去除桥联引物,读长映射到参考基因组,鉴定蛋白质结合位点和染色体作用区域等步骤,最终获得可以通过基因组浏览器可视化的染色体区域相互连接数据

HiCUP

基于Hi-C实验所获得的高通量测序数据,对数据进行映射到基因组后,对数据进行筛选,获得有效的染色体相互连接数据,并提供关于数据质量的一些信息,便于下游分析以及文库构建

Hiclib

为了从基于3C的实验中获得具有生物学意义的信息,在把读长映射到基因组的过程中利用了基于数据的迭代修正方法消除偏倚性,获得全基因组相对相互连接概率图谱

MACS

基于染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)实验数据,发掘所针对蛋白质(如转录调控因子或携带某种修饰的组蛋白)的全基因组结合位点

HiC-Pro

此Hi-C分析流程可完成从获得的高通量数据开始,到获得标准化的染色体相互连接图谱的操作,包括读长映射至基因组,鉴定有效的相互连接产物,对数据质量进行监测,产生同一条染色和不同染色体之间相互连接图谱等操作

Annotation
Splicing Analyzer by Java and R (SAJR)

Aanalyze splicing and gene expression based on RNA-seq data

PEAS V1.0

A Package for Elementary Analysis of SNP Data

iPSS

Predicting SNP from transcriptome

CIRCfinder

Finding junction reads for circular intronic RNAs

CHSMiner

CHSMiner provides an integrated GUI environment for the detection, evaluation and visualization of chromosomal homologous segments (CHSs) based on gene content alone.

NTW

Inference of Gene Networks – Application to Bifidobacterium

SPEM

An S-System Parameter Estimation Method for Biological Networks

SPNConverter

A new link between static and dynamic complex network analysis

QNet

A software package for estimating phylogenetic networks based on quartets

SurvNet

A bioinformatics web app for identifying network-based biomarkers

Quartet-Net

A quartet based method to reconstruct phylogenetic networks

ISVA

Independent Surrogate Variable Analysis

FEM

FEM can identify interactome hotspots of differential promoter methylation and differential

EVORA

Epigenetic Variable Outliers for Risk Prediction Analysis

SuperQ

A program which computes a phylogenetic super network from a collection of partial phylogenetic trees

ANNOVAR

用于基因注释

HaploReg

可用于查询基因组各个位点的注释信息(来源于1000 Genomes Project, Roadmap,ENCODE等数据库)

Functional Analysis
iNPS

Accurately detecting genome-wide nucleosome positions is important to understanding chromatin remodeling events in gene regulation

TSS predictor

Predict transcription start sites from epigenetic and RNA-seq profiles

eResponseNet

Predict regulatory pathway from weighted network

Adaptive Clustering

Auto-detect cancer subtypes based on heterogeneous high-throughput data

DM_BN

Predict regulatory Bayesian network from gene perturbation data

SeqSpider

Predict regulatory Bayesian network from heterogeneous data

CoCiter

Evaluate function association by significance of co-citation

evolBoosting

This predictor can then be used to predict new samples are whether selected or neutral.

FastEPRR

This manual describes how to use FastEPRR, an R package for estimating the population recombination rate

DART

Denoising Algorithm using Relevance Network Topology to estimate signalling pathway activity

EpiMods/FEM

Identification of Functional Epigenetic Modules by integration of DNA methylation and gene expression data

DDI Predictor

Drug-Drug Interaction Predictor

msmfs

msmfs is modified Hudson

Boosting

Detecting recent positive selection

MFDM

Detecting recent positive selection

Ct3d

Software for image tracing

Signalling Entropy

Signalling Entropy

EIGENSTRAT

对人群进行组成分分析

ADMIXTURE

利用基因信息将来自不同群体的人进行分类

iHS

利用连锁不平衡信息寻找基因组内的选择信号

ALDER

用于推断混合人群的混合时间

METAL

METAL可用于进行元组分析

SNPTEST

SNPTEST可用于进行单位点的全基因组关联性研究。其中包含贝叶斯方法以及频率学派方法

HAPMIX

HAPMIX用于精确地混合群体的染色体区段的分别来自于什么祖先群体

SPOT

SPOT利用GIN (genomic information network)模型结合多个生物数据库对SNPs按优先级进行排序

MEGA

MEGA是一个功能强大的份子进化遗传分析软件,尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面

LocusZoom

LocusZoom是一款用来可视化全基因组关联分析或者候选基因分析得到的区域信息的工具,例如关联分析信号在基因组位置上的强度与范围,局部连锁不平衡,重组率及信号附近的基因

DAVID

DAVID包含一个集成的生物知识库和分析工具,旨在系统地从较大的基因或蛋白质列表中提取重要的生物学意义

PLINK

PLINK是一个开源的全基因组关联分析工具,主要用于基因型/表型数据分析,不涉及研究设计、基因分型或CNV数据的产生。结合gPLINK和Haploview,可以实现结果的可视化

IMPUTE

IMPUTE用于估计和推断SNP关联分析中未被分型的基因型

SHAPEIT

SHAPEIT是一个从基因测序数据中快速准确估计单倍型的软件工具

LDAK

LDAK可以计算SNP权重、近交矩阵、提供方差成分分析的广义REML算法、建立MultiBLUP 预测模型、计算遗传风险评分、模拟表型和基因型等

GCTA

GCTA主要用于估计复杂表型方差中被基因组或染色体解释的比例,另外一些扩展分析有助于更好地理解复杂性状的遗传背景

Circos

对基因组数据和信息实行可视化的综合工具。对数据的展示以圆形结构展示,使得可以展示不同对象和位置的相互联系数据

WashU Epigenome Browser

可以对Hi-C和ChIA-PET获得的染色体相互连接数据实行可视化的在线网站工具,获得比较直观形象的染色体相互连接图谱

CPAT

一个序列是否是潜在的蛋白编码区域

CPC

一个序列是否是潜在的蛋白编码区域

PhyloCSF

一个序列是否是潜在的蛋白编码区域

cluster

对不同样本及不同的基因之间进行聚类分析

GIREMI

对样本中的RNA editing位点进行识别分析

VAST-TOOLS

对基因的选择性剪接进行分析

MISO

对基因的选择性剪接进行分析

miRanda

对miRNA的目标基因进行预测

TargetScan

对miRNA的目标RNA进行预测

miRDeep2

对miRNA的读序进行比对及定量

MEME

在给定序列中寻找共有motif

DESeq

基因差异表达分析

edgeR

基因差异表达分析

Cuffdiff

基因差异表达分析

Gibbs sampler

用Markov Chain Monte Carlo (MCMC) simulation 来直接找motif

ANOVerence

推测基因调控网络

GENIE3

推测基因调控网络

TIGRESS

MATLAB程序做基因调控网络推断

ARACNE

推测基因调控网络,每组相互作用间给定相互作用的互信息

网络的层次分析工具

该工具可以帮助生物学家对网络进行分层、从而获得网络的层次调节信息

网络的模块分析工具

该工具可以帮助生物学家对网络进行分解、从而获得具有紧密联系的基因(调控元件)模块。在此基础上,耦合基因本体(Gene ontology, GO)富集分析、信号通路(signal pathway)富集分析工具,可以帮助生物学家分析每个重要的调控模块的功能,进而通过模块之间的联系全面分析整个网络的调控规律

网络的拓扑结构分析工具

该工具可以帮助生物学家对网络的整体结构进行分析。具体分析数据包括网络总体属性信息(网络的直径、网络的聚集系数、顶点、链路的统计分布信息等)、每个顶点的相关属性(顶点的出度入度、 中心度、介度等)、每条链路的相关属性(最短通路、关键通路等)

调控网络的推断预测工具

收集主流的调控网络预测工具,然后本地化安装部署,以便生物学家使用这些工具来预测基于基因表达信息、转录因子调控下游靶基因信息、蛋白与蛋白之间的相互作用信息、小RNA(miRNA)对基因的调控信息的网络

Visualization
植物表型组学数据处理软件

植物表型组学数据处理软件

代谢物查询比对工具

根据GC-MS数据在数据库中查找对应代谢物的名称、化学性质等信息

代谢网络可视化及编辑工具

用户只需要按照开发者提供的说明术操作就可以输入反应的各个组分和调控规则,软件将自动生成代谢途径网络

代谢组学数据分析工具

可以自动生成代谢图谱,并且用不同的颜色表示代谢物的观测浓度。也可以做代谢物的富集分析,以观察输入的代谢物是不是在某一条代谢途径上统计学上的增加或者减少。

调控网络的展示工具

该工具可以向生物学家全面展示综合的调控网络。在展示中,生物学家可以通过点击网络中的顶点(调控元件或组分)以及链路(调控作用)来获得具体的调控信息