Combining phylogenetic motif discovery and motif clustering to predict co-regulated genes

Reference List

Jensen, Shane T. and Jun S. Liu. "BioOptimizer: a Bayesian scoring function approach to motif discovery." Bioinformatics 20.10 (2004): 1557-64.

Jensen, Shane T., Lei Shen, and Jun S. Liu. "Combining phylogenetic motif discovery and motif clustering to predict co-regulated genes." Bioinformatics 21.20 (2005): 3832-39.

Liu X, Brutlag DL, and Liu JS. "Bioprospector: discovering conserved DNA motifs in upstream regulatory regions of co-expressed genes." Pac.Symp.Biocomput. 6 (2001): 127-38.

    这是一篇方法学文章（Jensen, Shen, and Liu），对统计学方法在生物信息学领域当中应用感兴趣的读者可以将之作为学习范例。 文章大致的思路是：

1. 给定待考察基因集合
   

2. 寻找每一个基因的Ortholog:
   

3. 通过，在假设“进化过程中，保守的序列片断是有功能的，可能是转录因子结合位点”成立的情况下，利用软件Bioprospector（Liu X, Brutlag DL, and Liu JS）和BioOptimizer（Jensen and Liu）鉴定可能的TFBS。

4. 通过Gibbs Sampling将这些TFBS聚类（Jensen, Shen, and Liu）：
   

5. 至于作者对结果的评价，有兴趣的读者可以阅读，这里不做讨论。

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