11月2日－11月9日，罗氏诊断454测序技术讨论会分别在广州、上海和北京举行，来自国内的基因组学研究专家齐聚一堂，共同探讨454测序技术带来的革命性变革，讨论会上，专家学者们认真听取了罗氏生命信息部主任杜雷博士及国家人类基因组南方研究中心主任助理王升跃博士所作的报告，并展开了热烈的讨论。

 

杜雷博士报告了罗氏诊断超高通量基因组测序系统技术及其应用。据杜雷博士介绍，GS FLX 系统是罗氏诊断应用科学部推出的第二代测序技术平台，技术原理的成熟性和性能方面的表现均大大超越了第一代产品GS 20系统。GS FLX 系统具有更广泛的灵活性和准确性，一个测序反应耗时仅7.5小时，可以产生超过一亿的碱基数据，单个序列的读长更长了，平均可达300bp，通量大大提高，每个反应可以得到超过40万个序列读长，而且读长超过200 bp时，单一读长的准确性可以超过99.5%，完整测序结果一致准确性大于99.99%。此外，具备完整的软件包是GS FLX的一大特色，其简单易用的图形界面，可以用来进行作图、拼接和扩增产物差异检测等研究。正因为其优异的性能，GS FLX 系统可以广泛应用在基于Paired-End 应用的从头测序和BAC文库重测序、基于全基因组测序的比较基因组学研究、扩增产物重测序、转录组分析、基因调节的研究等基因组学研究中。GS FLX 系统问世两年多来，在全球已经销售100多台，其卓越技术获得了业内的广泛认可，并有一系列发表于世界顶级科学期刊的应用成果。同时，在本次讨论会上，杜雷博士也介绍一些关于454测序技术的进展：应用不同的Adaptor进行不同测序样品的测序工作。此外，杜雷博士还介绍了在测序工作中不同测序仪器之间存在的coverage的bias问题：读长较长的GS FLX coverage的分布符合标准的理论曲线，而读长只有几十个碱基的测序仪器的coverage在不同的区域可能有很大的不同：某些区域达到的coverage可能很高，而另外一些区域的coverage可能是零，这样就要求大大提供理论上的coverage数目才有可能完成客户的目的测序研究。

 

在本次讨论会上，王升跃博士作了《新一代高通量测序技术-454/Roche GS 在微生物基因组学研究中的应用》的报告。国家人类基因组南方研究中心应用GS FLX分别与上海交大医学院、西安药厂、中科院植生所和上海交大生科院合作开展了四个微生物基因组的测序工作，都取得了快速圆满的测序结果。他们在应用中发现， GS FLX方法完成从基因组DNA到文库构建到质粒DNA到末端测序仅1~2周，Sanger方法则需3个月以上，GS FLX方法的花费也比较低，无需文库构建，没有克隆的误差，Gap较少且较小，一般小于200bp，得到的序列的质量较高，reads的分布比较均匀，基因组DNA为500bp左右的小片段，受二级结构的影响小，高覆盖率使得weak 区域较少，由于高质量的conting 和较少的gap，使得完成测序的时间比传统的方法至少缩短了一半。

 

两位博士做完报告后，与会专家提出许多技术上和应用的问题，杜雷博士和王升跃博士分别回答了专家们的提问。面对专家的咨询，杜雷博士承认，目前，GS FLX 系统非常适合微生物的测序，适合所有生物的基因组研究，但对大基因组生物的测序还是需要通过构建BAC文库来实现。会上，杜雷博士透露，罗氏的研发队伍正在进行升级换代的研发工作，而且，454最新的拼装软件兼容Sanger序列，可以与Sanger序列一起进行拼装，组合起来工作。而且，自从罗氏收购Nimblegen公司后，已有相关的文献应用Nimblegen和454测序技术在进行外显子方面的研究。相信随着罗氏公司基因组学平台的进一步建立，必将对基因组学领域的发展产生极大的推动作用。

 

登陆了解更多有关罗氏454测序技术信息：https://www.roche-applied-science.com/sis/sequencing/index.jsp