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SRS
生物类数据库序列检索系统。可以从各种序列数据库中查找符合条件的序列 |
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BLAST
核酸蛋白序列相似性比较程序。目前可以比较的数据库有人类基因组核酸序列和蛋白序列、EMBL66版序列以及66版后到当日之间的新序列、EST、载体等数据库。 |
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GCG
基于web方式的商业综合性序列分析软件包。可以进行序列比较、序列检索、进化树分析、作图、引物设计、蛋白分析、翻译、核酸二级结构分析、膜体分析等。该软件包只限于上海生命科学研究院内部使用。 |
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GENESPLICE
是一个识别多种真核细胞基因组ＤＮＡ上剪切位点的软件，该软件使用Plasmodium
falciparum (malaria), Arabidopsis thaliana and human 的基因组序列数据进行训练并成功地通过测试。 |
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BioEclone
BioEclone，用于EST序列匹配和拼接，并对拼接结果作检查和分析，包括kozak，起始密码子，终止密码子，及染色体定位信息。它主要由blast和clustw两大模块构成。所用的库是EMBL下的EST库，并按物种分类。欢迎您的宝贵意见，以便我们不断改进。
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TMPP
TMPP 是生科院生物信息中心自主开发的基于HMM的跨膜蛋白预测分析软件.您可以输入蛋白质序列通过TMPP得到有关跨膜的信息.我们还给您提供了一个跨膜蛋白预测服务器的网址方便您进行比较。 |
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PSIpred
Jnet是英国Barton实验室开发的基于神经网络算法的蛋白质二级结构预测软件，有效率可达73%。PSIpred是英国David.T.Jones实验室开发的基于神经网络算法的蛋白质二级结构预测软件。它可以在分析PSI-BLAST计算结果基础上进行结构预测，有效率可达78%。
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GlimmerM
是由Tigr开发的用于预测ORF的软件，软件已用Plasmodium
falciparum, Arabidopsis thaliana, Aspergillus和rice四个物种进行了训练。使用时请选择相近的物种并输入大片段的DNA序列。 |
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CLUSTALW
CLUSTALW是多重序列比较程序。所用版本是由SGI开发的并行版，使用多CPU，运行速度快，特别适合大量序列的多重比较。 |
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READSEQ
多格式序列的转换程序，包括Genbank，EMBL，GCG，FASTA等。
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NNPP
基于神经网络的预测原核、真核生物DNA序列的启动子位置。 |
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PPAgent
生科院生物信息中心自主开发的跨膜蛋白二级结构综合预测网站。您可以输入蛋白质序列(fasta格式)通过MPPAgent得到不同方法各自的预测结果，同时我们还提供了一个综合预测结果。
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GENSCAN
软件是由Chris Burge（research group of Samuel
Karlin, Department of Mathematics, Stanford University）开发的。主要用于预测多种生物体基因组序列上的完整基因的结构，包括内含子、外显子及其位置。 biosino为此软件开发了ＷＥＢ界面，以方便使用。 |
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BioEnzymes
BioEnzymes是一个整合了3500多种不同酶的大量信息的数据库查询系统，它几乎收集了所有的来自Springer
Handbook of Enzymes,2nd Ed的内容，同时还包括了一些有关酶的其他信息（包括动力学、热力学及参考文献信息等）。用户可以通过关键字段的检索（例如：EC号，酶的名称，物种来源，协作或抑制因子等）来获得目标信息。如有任何问题或建议，希望您能及时告知我们。 |
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GPAT
GPAT是Biosino开发的基于IBM Splash算法的生物序列模式搜索程序。运行环境为LINUX，多线程运行，使用多CPU，运行速度快，特别适合序列中重复模式的定位。 |
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Oglyc
Oglyc ，预测O-linked
Glycosylation位点的软件。该软件基于双层SVMs的算法，训练数据集来源于
Oglyc.base.输入相关蛋白的fasta文件即可。
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