NCBI站点地图---其他各项介绍

》》》NCBI 资源介绍

在NCBI的研究的概览

• 计算生物学分支主页 — 在NCBI计算生物学分支研究计划的概览和高级研究员的列表。研究项目集中在对广泛的分子生物学基本问题的理论的，分析的，和应用的解决方法，包括生物分子结构，基因组分析，序列分析理论，硬件设计，软件和数据库设计，和文本检索和文件分析。

• 讨论会日程 —NCBI的讨论会有广泛的分子生物学和数学专题。这些讨论会对NIH公众和一般民众是公开的，由NCBI职员和访问科学家出席。

• 职员目录 — 在职和以前NCBI职员出版的和正在印刷的文章和专题论文的章节的列表。包括链接到相应的PubMed纪录。选出的文章也可以看到全文。

• 选出的职员出版物的全文 — 选出的在职和以前NCBI职员出版的和正在印刷的文章和专题论文的章节的全文。

教育概要

文章

• A Billion Base Pairs Up for Grabs — 关于在NCBI的用来访问分子生物学数据库和分析序列数据的资源的介绍。包括对Entrez PubMed, BLAST, 3-D structures, Genomes, 和Taxonomy 概要的介绍。也包括在NCBI的生物采样。

• 生物信息学 — 一个新纪元 — 关于在这个领域内的生物信息学，从业者和训练，以及新的方向的讨论。作为Trends Guide to Bioinformatics介绍的服务器。

• 数据库部门和同源搜索文件 — 在GenBank/EMBL/DDBJ数据库部门的概要，有关于HTG部门的详细信息。包括在NCBI和EBI同源搜索文件的讨论

• 数据库搜索的基础 — 关于序列相似搜索工具的原理讨论，这些工具是可以被用来评估序列对齐。

• 基因组分析：实验室手册系列 — 第一卷：DNA分析，第七章：DNA和蛋白序列的计算分析。用于基因组分析的计算机数据库，网络，和软件工具的介绍。包括Internet基础，用BLAST分析序列，用Entrez对整合的信息检索，多重对齐，序列motifs，和结构推理，以及提交数据到公共数据库的讨论。同时也包括许多在Internet上的分子生物学资源的列表。

交互学习指南

• Coffee Break — 关于最近生物学发现的简报的汇总。每一个简报都合并了交互学习指南来显示生物信息学工具是如何被用作研究过程的一部分的。

• Entrez Tutorial

• OMIM Tutorial

• PubMed Tutorial 

• Tours and Exercises

• How to BLAST

• BLAST Statistics

• Cn3D Structure Viewer

• Bioinformatics Problems

• Genetic Linkage Analysis

Online Information

• CancerNet — 由NCI提供的广泛的准确的，可信赖的肿瘤信息。CancerNet信息由肿瘤专家定期综述，是基于最新的研究。它包括为病人，健康专家，和基础研究者提供选择的和组织好的信息。

• 基因和疾病 —介绍遗传因素和人类疾病的关系。有约60种遗传疾病的概要信息，以及链接到相关数据库和组织。

• 遗传术语词汇表 —NHGRI

• 遗传例证 —NHGRI

• 遗传研究技术 —NHGRI

• 人类基因组计划 — 一个国际研究，致力于通过对人类和选出的模式生物的DNA全部作图和测序来描述他们的基因组，发展基因组分析的技术，调查人类遗传研究带来的伦理的，法律的和社会的牵连，训练科学家，使他们可以使用通过HGP发展起来的工具和资源来进行生物学研究并提高人类的健康。

• NHGRI教育和训练 — 国立人类基因组研究所（NHGRI）的政策协调办公室（OPC）致力于确定和协调为健康专家和公众的已存在的遗传教育活动，建立关于遗传教育的公共和私立组织之间的合作，和发展对遗传学的兴趣的活动。

FTP站点概要

Databases

• GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。

• ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。

• FASTA格式 — 定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。

• RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

• 位点链接（LocusLink） — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID，并提供官方的命名，序列accesssion number， Unigene簇，图谱信息，和相关的网址。LocusLink是NCBI，人类基因命名委员会，OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类，小鼠，大鼠，斑马鱼，和果蝇的位点，物种可以被分开或合在一起查询。

• dbSNP — 单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。

• 数据库的仓库 — 即，UniGene, GeneMap, dbEST, dbGSS, dbSTS, OMIM,和许多外部校正和维护的特定数据库。

软件

• BLAST单独的程序 — 下载可执行的BLAST用于本地使用。提供IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. 4.0d), LINUX, 和Win32系统的二进制形式。BLAST数据库也可下载。

客户/服务器程序

• Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前用VecScreen去除载体）

• 网络Entrez — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC，Mac，Unix，版本的客户软件。

• 网络BLAST — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC，Mac，Unix，版本的客户软件。

• PowerBLAST —PowerBLAST是一个程序，允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索，它把序列分割开，对每个部分搜索，然后把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST算法，过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。

• NCBI Software Toolkit — 一套软件和数据交换说明，被NCBI用来产生用于分子生物学的可移植的，模块化的软件。在Toolbox中的软件是主要设计成读出ASN.1格式的纪录。可以从NCBI的ftp站点的toolbox/ncbi_tools目录下载，可以直接使用，也可以在其基础上建立有相似功能的工具。在toolbox和toolbox/ncbi_tools目录下的readme文件包含了更详细的关于toolbox和ASN.1的信息。同时提供了ASN.1概要。

• 许多NCBI科学家个人项目研制的软件程序 —— 在FTP站点的/pub目录下包含了象MACAW和e-PCR这样的程序。   

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编译：ittait@hotmail.com