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生物信息中心Biosino
Lab提供的生物信息服务包括
三部分:
网上在线分析资源、定制服务、其他生物信息分析服务。
一、网上在线分析资源服务内容:
1、地址:http://www.biosino.org/pages/lab.htm
2、在线情况。尽量做到24×7在线。如无法在线,及时告示。
3、SRS和BLAST数据库更新周期。根据目前机器情况,暂时做到
不定期更新或者周更新。
4、所有网络资源服务对外都是可用的。除GCG限于中科院上海生命科学研究院内部使用外,其他在线分析网络资源均可使用。避免超链接错误和软件无法使用的错误。
5、帮助结果解释。
6、逐步增加新手指南。
7、联系人列表:
网上在线分析资源服务征求建议:
1、
请建议在BLAST对比库中需增加的常规数据库。
2、
请建议在SRS中需增加的数据库。
3、
请建议需要增加的其他网上在线分析工具。
二、生物信息中心收费服务
1、
内容
生物信息中心提供收费服务主要是利用生物信息中心解决生物信息问题的专业水平、经验,以及中心具有的硬件运算能力为生科院各研究课题组提供生物信息学服务。
目前,生物信息中心主要能够提供的服务有:
序列相似性比较:
1)、比较两条序列或多条序列间的局部相似性
2)、比较两条序列全序列的相似性
3)、查找多条序列中的保守序列
4)、查找相似序列中不相同的序列
5)、序列与数据库中序列相似性比较
6)、帮助收集整理特定数据,做成对比数据库
7)、按要求格式修改比对的结果
8)、EST定位于基因组
9)、多条序列间相互比较
图形显示:
1)、限制酶分析及显示
2)、多序列比较结果图形显示
3)、质粒作图
4)、克隆策略作图
序列编辑:
1)、清除测序载体
2)、屏蔽短重复序列和载体
3)、序列中提取特定部分序列
4)、序列格式转换
5)、序列间翻译与反翻译
核酸分析
1)、查找正向反向短重复序列
2)、序列分子量、等电点等理化性质分析
3)、密码子统计
4)、查找CpG岛
5)、基因预测
6)、查找开放阅读框
7)、搜索核酸模体
8)、核酸引物设计
9)、查找短重复序列
10)、查找转录因子
11)、启动子分析
12)、核酸翻译成蛋白、蛋白反翻译成核酸
蛋白分析:
1)、蛋白二级结构预测
2)、核酸结合位点预测
3)、蛋白跨膜位点预测
4)、蛋白组成、分子量、等电点、亲水疏水等理化性质分析
5)、蛋白抗原区域分析
6)、蛋白酶酶切位点分析
7)、蛋白模体搜索
8)、核酸结合位点预测与搜索
9)、蛋白质3D结构模拟与同源模建
10)、分子对接
序列拼接
1)、EST拼接
2)、Contig拼接
进化分析
基因组注释
电泳胶信号处理
蛋白相互作用预测分析
蛋白质组数据分析
芯片数据分析
实验室管理(LIMS)系统构建
建立专业生物学数据库及其web发布
教育培训:BLAST、SRS、EMBOSS等
软件安装:BLAST、SRS、EMBOSS等
数据库定制:为实验室BLAST等软件制作更新符合特定条件的数据库。
2、对象:生科院各课题组、院外有兴趣之课题组
3、数据传送方式
需要生物信息中心分析的数据可用以下方式传给我们:直接带上储存设备或电脑将数据现场送到生物信息中心、以email发送给联系人、数据放到ftp上以便我们去取数据、数据以http方式对我们开放以便下载。
生物信息中心处理后的数据结果返回方式有:现场解决并加以说明、以email将数据发回、临时ftp供课题组下载。
4、服务
质量标准:根据实际情况进行协商。
5、结算方式
以合作课题式或一般支付的方式结算。费用根据不同的工作量事先协商决定。
6、关于收费服务的记录:每项收费服务均有记录。课题组可以直接填写意见建议。
三、联系方式:
直接与上述列表中的工作人员联系或者联系何有裕。
何有裕联系方式:
联系方式:54920086 yyhe@sibs.ac.cn
投诉方式:54920086
yyhe@sibs.ac.cn
意见建议:54920086
yyhe@sibs.ac.cn |