系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV210143
发布时间:
2020-07-06
基因组完整性:
complete
病毒类型
RNA viruses
毒株名称:
SARS-CoV-2/Felis catus/FRA/Env-Ba/2020
毒株别名:
-
病毒说明:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-CoV-2/Felis catus/FRA/Env-Ba/2020, complete genome
物种名称:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID:
2697049
属名:
Betacoronavirus
分类谱系:
[root, Viruses, Riboviria, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2]
序列长度:
29838
有效碱基数量:
29838
有效碱基百分比:
100.00%
宿主:
Felis catus
宿主补充信息:
-
分离来源:
-
测序技术:
Oxford Nanopore Technologies
组装方法:
bcftools mpileup v. 1.6
覆盖度:
-
相关链接:
MT709104
提交者:
Bessiere,P., Cadiergues,M.-C., Croville,G., Walch,M., Dubois,M., Izopet,J. and Guerin,J.-L.
提交者单位:
Virology, Ecole Nationale Veterinaire de Toulouse
提交者地址:
23 chemin des capelles, Toulouse 31076, France
样本信息
编号:
OESV210143
采样时间:
2020-05-14
病毒注释
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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以下
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毒株也检测到该变异
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virus name
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Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020