系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV300520
发布时间:
2020-10-13
基因组完整性:
-
病毒类型
RNA virus
毒株名称:
hCoV-19/mink/Netherlands/NB-EMC-31-6/2020
毒株别名:
-
病毒说明:
hCoV-19/mink/Netherlands/NB-EMC-31-6/2020
物种名称:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID:
2697049
属名:
Betacoronavirus
分类谱系:
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度:
29151
有效碱基数量:
26632
有效碱基百分比:
91.36%
宿主:
Neovison vison
宿主补充信息:
-
分离来源:
-
测序技术:
Nanopore
组装方法:
-
覆盖度:
30x
相关链接:
EPI_ISL_577760
提交者:
OH consortium
提交者单位:
Erasmus Medical Center
提交者地址:
Dr. Molewaterplein 3015GE Rotterdam Netherlands
样本信息
编号:
OESV300520
采样时间:
2020-08-15
采样地点:
Europe / Netherlands / Noord-Brabant
地点补充信息:
-
采样单位:
Dutch COVID-19 response team
采样地址:
Dutch COVID-19 response team
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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以下
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毒株也检测到该变异
virus id
virus name
host
country
Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020