系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV789002
发布时间:
2021-01-25
基因组完整性:
-
病毒类型
RNA virus
毒株名称:
hCoV-19/cat/France/un-ENVT-LHOOQ/2020
毒株别名:
-
病毒说明:
hCoV-19/cat/France/un-ENVT-LHOOQ/2020
物种名称:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID:
2697049
属名:
Betacoronavirus
分类谱系:
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度:
29664
有效碱基数量:
27053
有效碱基百分比:
91.20%
宿主:
Felis catus
宿主补充信息:
-
分离来源:
Oropharyngeal swab
测序技术:
Oxford Nanopore Technologies
组装方法:
bcftools mpileup v. 1.6
覆盖度:
-
相关链接:
EPI_ISL_873210
提交者:
Bessiere,P., Walch,M., Fusade-Boyer,M., Lebre,L., Croville,G.,Cadiergues,M.-C. and Guerin,J.-L.
提交者单位:
Virology, Ecole Nationale Veterinaire de Toulouse
提交者地址:
23 chemin des Capelles, Toulouse 31300, France
样本信息
编号:
OESV789002
采样时间:
2020-09-24
采样地点:
Europe / France
地点补充信息:
-
采样单位:
Virology, Ecole Nationale Veterinaire de Toulouse
采样地址:
23 chemin des Capelles, Toulouse 31300, France
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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以下
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virus id
virus name
host
country
Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020