何云刚


何云刚:副研究员

联系方式

电子邮件 :yunganghe@picb.ac.cn

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研究方向

•计算生物学 •群体遗传学

进化遗传学

研究领域

在计算生物学领域,探寻生物网络结构如何影响突变的遗传学效应,以及生物网络结构如何影响基因组的结构与组成。在群体遗传学领域,专注于人群遗传结构与群体的适应性进化研究,发展了一系列方法用于刻画人群遗传结构,估计群体遗传学参数,识别受自然选择作用遗传多态位点,并在不同群体间进行进化驱动力的比较。在进化遗传学领域,以流感和乙肝病毒微进化为切入点,研究抗病毒治疗及抗原表位进化等健康相关的进化遗传学问题。

工作经历

2009.12--至今  中国科学院计算生物学研究所,副研究员

2008.08—2009.11 中国科学院计算生物学研究所,助理研究员

2006.04-2008.04   美国斯坦福研究院(SRI)健康科学中心,博士后

教育经历

2002.09-2005.07   复旦大学生命科学学院遗传研究所,遗传学,理学博士

1999.09-2002.07   云南大学生命科学学院,分子生物学,理学硕士

1995.09-1999.07   云南大学生命科学学院,微生物学,理学学士

主持科研项目

2010    中科院上海生科院领域前沿项目 (2010KIP206 2年)

2012    国家自然科学基金项目(811009973年;311712794年)

2013    中科院青年创新促进会会员支持 (20122164年)

2014    国家自然科学基金微进化重大研究计划项目(913311093年)

2017    中科院青年创新促进会优秀会员支持(20122163年)

奖励与荣誉

2010    赛诺菲-上海生科院优秀青年人才奖

2012    教育部自然科学一等奖

2012    中科院青年创新促进会会员

2015    国家自然科学二等奖

2016    中科院青年创新促进会优秀会员

代表论文


1.  Dong H, Zhou B, Kang H, Jin W, Zhu Y, Shen Y, Sun J, Wang S, Zhao G, Hou J, He Y.Small surface antigen variants of HBV associated with responses to telbivudine treatment in chronic hepatitis B patients. AntivirTher. 2016 Sep 1. doi: 10.3851/IMP3078. [Epub ahead of print]

2. He Y, Wang M, Huang X, Li R, Xu H, Xu S, Jin L. A probabilistic method for testing and estimating selection differences between populations. Genome Res. 2015 Dec;25(12):1903-9. doi: 10.1101/gr.192336.115. Epub 2015 Oct 13

3.  Wang M, Huang X, Li R, Xu H, Jin L, He Y.Detecting Recent Positive Selection with High Accuracy and Reliability by Conditional Coalescent Tree. MolBiolEvol. 2014 31(11):3068-3080.

4. Jiang Y, Wang M, Zheng H, Wang WR, Jin L, He Y. Resolving ambiguity in the phylogenetic relationship of genotypes A, B, and C of hepatitis B virus. BMC Evol Biol. 2013 Jun 11;13:120.

5.  He Y, Wang WR, Li R, Wang S, Jin L. Genetic Divergence Disclosing A Rapid Prehistorical Dispersion of Native Americans in Central and South America.PLoS One. 2012;7(9):e44788.

6.  He Y, Wang WR, Xu S, Jin L, Snp Consortium PA. Paleolithic Contingent in Modern Japanese: Estimation and Inference using Genome-wide Data. Sci Rep. 2012 Apr;2:355

7. He Y, Xu S, Jia C, Jin L. A design of multi-source samples as a shared control for association studies in genetically stratified populations. Cell Res. 2009  Jul;19(7):913-915

8.  He Y, Bergen AW, Hops H, Andrews JA, Tildesley E, Lessov-Schlaggar CN, Webster C, Benowitz N, Swan GE.Genome-wide Linkage of Cotinine Pharmacokinetics Suggests Candidate Regions on Chromosomes 9 and 11. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2009 Jun 5;150B(4):554-559

9.  He Y, Jiang R, Fu W, Bergen AW, Swan GE, Jin L. Correlation of Population Parameters Leading to Power Differences In Association Studies with Population Stratification. Ann Hum Genet. 2008 72:801-811

10. Huang W, He Y, Wang H, Wang Y, Liu Y, Wang Y, Chu X, Wang Y, Xu L, Shen Y, Xiong X, Li H, Wen B, Qian J, Yuan W, Zhang C, Wang Y, Jiang H, Zhao G, Chen Z, Jin L. Linkage disequilibrium sharing and haplotype-tagged SNP portability between populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2006, 103: 1418-1421(co-first author)