张国庆


张国庆:研究员、博士

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电子邮件 :gqzhang@scbit.org




研究领域

1. 生物医学大数据汇交与共享:构建生物医学大数据(组学)汇交系统、共享系统、审核与质控系统,建立数据存储管理、数据清理、质量控制、数据标准制定与发布、数据编审的技术体系形成以基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等为代表的组学数据以及临床数据汇交与共享服务能力;

2. 生物医学大数据应用型数据库:围绕生命组学数据和临床数据,面向大型健康人群队列、专病队列、精准医学、表型组、合成生物学等领域,研究生物医学大数据的标准化表示、存储与共享的关键技术,建立应用型的生物医学数据库;

3. 生物医学知识库的关键技术研究:以精准医学为重点方向,建立覆盖基因与蛋白、变异,疾病、症状与表型,药物与治疗方案等多维度的知识模型,开展生物医学文献挖掘、生物信息数据集成关、精准医学知识图谱的构建、可视化与推理关键技术等研究,建立具有自主知识产权的专业知识库。

个人简介

中国遗传学会生物大数据专业委员会委员,中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员。毕业于华中科技大学生命科学与技术学院生物医学工程系,获工学博士学位。2006年7月至2016年12月在上海生物信息技术研究中心生命科学数据中心任主管,现任中国科学院上海生命科学研究院马普计算生物所生物医学大数据中心副主任。主要研究方向是生物医学大数据,包括生物医学数据库和知识库的设计、研发与运维,致力于精准医学、大型人群队列、个性化药物研发和合成生物学等领域的组学数据、文献数据、临床数据等生物医学大数据的集成与管理,以及基于大数据的人类基因及其变异知识库构建。已经承担或参与多项973、863、科技部支撑计划、基础工作专项和重点研发计划等国家和上海市项目。在NAR等刊物发表论文20篇,其中SCI收录9篇, 申请软件著作权50余项。

代表论文

1.  Guoqing Zhang*, Yunsheng Zhang, Yunchao Ling, Jia Jia, Web Resources for Pharmacogenomics, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Volume 13, Issue 1, February 2015, Pages 51–54.

2.  Jian Chen, Jia Sheng, Dijing Lv, Yang Zhong, Guoqing Zhang*, Peng Nan*, The optimization of running time for a maximum common substructure-based algorithm and its application in drug design, Computational Biology and Chemistry, Volume 48, February 2014, Pages 14-20.

3. Ying He, Menghuan Zhang, Yuanhu Ju, Daqing Lv, Zhonghao Yu, Han Sun, Weilan Yuan, Fei He, Jianshe Zhang, Hong Li , Jing Li, Yixue Li, Guoqing Zhang*, Lu Xie*. dbDEPC 2.0: updated database of differentially expressed proteins in human cancers. Nucl. Acids Res. (2012) 40 (D1): D964-D971.

4. Shen Niu, Zhen Wang, Dongya Ge, Guoqing Zhang*, Yixue Li*. Prediction of functional phosphorylation sites by incorporating evolutionary information. Protein Cell 2012, Jun 16, epub.