毒株信息
编号： OEAV000453 发布时间： 2020-03-06 基因组完整性： complete
病毒类型
RNA virus
毒株名称：
hCoV-19/Nigeria/Lagos01/2020
毒株别名：
-
病毒说明：
hCoV-19/Nigeria/Lagos01/2020
物种名称：
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID：
2697049
属名：
Betacoronavirus
分类谱系：
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度：
29759
有效碱基数量：
29417
有效碱基百分比：
98.85%
宿主：
Homo sapiens
宿主补充信息：
Patient infected in Italy
分离来源：
Sputum
测序技术：
Illumina MiSeq
组装方法：
Viral-ngs v1.25.0
覆盖度：
20x (mean coverage depth)
相关链接：
EPI_ISL_413550
提交者：
Oluniyi P.E., Ajogbasile F.V., Kayode A., Oguzie J., Folarin O.A., Ihekweazu C. Happi C.T.
提交者单位：
African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases (ACEGID), Redeemer's University, Ede, Osun State, Nigeria
提交者地址：
Akoda Junction, Ede, Osun State, Nigeria
样本信息
编号： OESV000453 采样时间： 2020-02-27
采样地点：
Africa / Nigeria / Lagos
地点补充信息：
-
宿主编号：
-
宿主性别：
Male
宿主年龄：
44
采样单位：
Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
采样地址：
Lagos, Nigeria