系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV013295
发布时间:
2019-09-28
基因组完整性:
complete
病毒类型
RNA viruses
毒株名称:
Bat alphacoronavirus strain BtCoV/008_16/M.bra/FIN/2016
毒株别名:
-
病毒说明:
Bat alphacoronavirus strain BtCoV/008_16/M.bra/FIN/2016, complete genome
物种名称:
Bat alphacoronavirus
物种ID:
2419667
属名:
Alphacoronavirus
分类谱系:
[root, Viruses, Riboviria, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Alphacoronavirus, unclassified Alphacoronavirus, Bat alphacoronavirus]
序列长度:
28119
有效碱基数量:
28119
有效碱基百分比:
100.00%
宿主:
Myotis brandtii
宿主补充信息:
-
分离来源:
feces
测序技术:
Illumina
组装方法:
MegaHit v. 28th September, 2018; Unipro UGENE v. 1.29.0; BWA v. 0.7.12
覆盖度:
-
相关链接:
MN065811
提交者:
Kivisto,I.
提交者单位:
Department of Virology, The Faculty of Medicine, University of Helsinki, PO 21 (Haartmaninkatu 3), University of Helsinki 00014
提交者地址:
Finland
样本信息
编号:
OESV013295
采样时间:
2016-08-15
病毒注释
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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以下
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毒株也检测到该变异
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virus name
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Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020