系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV142502
发布时间:
2020-03-14
基因组完整性:
complete
病毒类型
RNA virus
毒株名称:
hCoV-19/USA/WA-UW22/2020
毒株别名:
-
病毒说明:
hCoV-19/USA/WA-UW22/2020
物种名称:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID:
2697049
属名:
Betacoronavirus
分类谱系:
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度:
29861
有效碱基数量:
29852
有效碱基百分比:
99.97%
宿主:
Homo sapiens
宿主补充信息:
-
分离来源:
-
测序技术:
Illumina NextSeq
组装方法:
custom
覆盖度:
395x
相关链接:
EPI_ISL_414591
提交者:
Pavitra Roychoudhury, Hong Xie, Keith Jerome, Alexander Greninger
提交者单位:
UW Virology Lab
提交者地址:
Seattle WA
样本信息
编号:
OESV142502
采样时间:
2020-03-06
采样地点:
North America / USA / Washington / King County
地点补充信息:
-
采样单位:
UW Virology Lab
采样地址:
Seattle WA
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
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以下
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virus id
virus name
host
country
Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020