毒株信息
编号： OEAV176900 发布时间： 2020-05-29 基因组完整性： -
病毒类型
RNA virus
毒株名称：
hCoV-19/Poland/PL_P29/2020
毒株别名：
-
病毒说明：
hCoV-19/Poland/PL_P29/2020
物种名称：
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID：
2697049
属名：
Betacoronavirus
分类谱系：
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度：
29903
有效碱基数量：
29903
有效碱基百分比：
100.00%
宿主：
Homo sapiens
宿主补充信息：
-
分离来源：
Oro-pharyngeal swab
测序技术：
MiSeq V3 2x75 paired reads (Illumina) +Nextera Flex Enrichment Library with Respiratory Virus Oligo Panel capture (Illumina).
组装方法：
BwaAndMarkDuplicatesPipelineSpark (GATK v.4.1.5.0 package) using NC_045512.2 SARS-CoV-2 reference.
覆盖度：
3,012x
相关链接：
EPI_ISL_455442
提交者：
Katarzyna Pancer, Marek Sanak, Aleksandra A. Zasada, Magdalena Rzeczkowska, Tomasz Wołkowicz, Katarzyna Zacharczuk, Agnieszka Kołakowska-Kulesza, Katarzyna Owczarek, Aleksandra Milewska, Natalia Wolaniuk, Ewelina Hallman-Szelińska, Paweł P Łabaj, Wojciech Branicki, Krzysztof Pyrć
提交者单位：
1. ViroGenetics - BSL3 Laboratory of Virology, Małopolska Centre of Biotechnology, Jagiellonian University; 2. II Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Jagiellonian University Medical College;3. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego – Państwowy Zakład Higieny (NIZP-PZH).
提交者地址：
1. ViroGenetics - BSL3 Laboratory of Virology, Małopolska Centre of Biotechnology; Jagiellonian University; ul. Gronostajowa 7A; 30-387 Kraków, Poland, Europe; 2. II Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Jagiellonian University Medical College, ul. Skawińska 8, 31-066 Kraków, Poland, Europe; 3. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego – Państwowy Zakład Higieny (NIZP-PZH); ul. Chocimska 24, 00-791 Warszawa.
样本信息
编号： OESV176900 采样时间： 2020-03-18
采样地点：
Europe / Poland / Mazowieckie / Grodzisk Mazowiecki
地点补充信息：
-
宿主编号：
-
宿主性别：
Female
宿主年龄：
73
采样单位：
1. ViroGenetics - BSL3 Laboratory of Virology, Małopolska Centre of Biotechnology, Jagiellonian University; 2. II Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Jagiellonian University Medical College; 3. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego – Państwowy Zakład Higieny (NIZP-PZH)
采样地址：
1. ViroGenetics - BSL3 Laboratory of Virology, Małopolska Centre of Biotechnology; Jagiellonian University; ul. Gronostajowa 7A; 30-387 Kraków, Poland, Europe; 2. II Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine, Jagiellonian University Medical College, ul. Skawińska 8, 31-066 Kraków, Poland, Europe; 3. Narodowy Instytut Zdrowia Publicznego – Państwowy Zakład Higieny (NIZP-PZH); ul. Chocimska 24, 00-791 Warszawa