系统分类
多序列联配
变异
论文
流行病学
病毒筛选
毒株信息
编号:
OEAV1856402
发布时间:
2021-05-08
基因组完整性:
-
病毒类型
RNA virus
毒株名称:
hCoV-19/Egypt/ARMY-404/2021
毒株别名:
-
病毒说明:
hCoV-19/Egypt/ARMY-404/2021
物种名称:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
物种ID:
2697049
属名:
Betacoronavirus
分类谱系:
[Viruses, Riboviria, Orthornavirae, Pisuviricota, Pisoniviricetes, Nidovirales, Cornidovirineae, Coronaviridae, Orthocoronavirinae, Betacoronavirus, Sarbecovirus, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus]
序列长度:
29783
有效碱基数量:
29762
有效碱基百分比:
99.93%
宿主:
Homo sapiens
宿主补充信息:
-
分离来源:
Nasal swab
测序技术:
Illumina
组装方法:
BWA Version 7.13
覆盖度:
70x
相关链接:
EPI_ISL_1969081
提交者:
Mohamed Seadawy, AbedElrahman Zekri, Mohamed Shamel, Ahmed Gad, Abdullah Salama, Mostfa Elhoseiny
提交者单位:
Main Chemical Laboratories Egypt Army
提交者地址:
Egypt, Cairo,Almaza
样本信息
编号:
OESV1856402
采样时间:
2021-04-24
采样地点:
Africa / Egypt / Cairo
地点补充信息:
-
宿主编号:
-
宿主性别:
-
宿主年龄:
59
采样单位:
Main Chemical Laboratories Egypt Army
采样地址:
Egypt, Cairo,Almaza
NC_045512.2:28144:
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
->
GTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGCCACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAGAGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAGAATGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
×
以下
30
毒株也检测到该变异
virus id
virus name
host
country
Collection Date
OEAV000001
BetaCoV/Anhui/SZ005/2020