本代谢组数据分析平台包含数据清洗和统计分析2大模块（具体流程图如下图）。

数据清洗包括：

1. 背景噪音去除（包括使用空白样品或者梯度稀释样品2种方式）；
2. 缺失值处理（删除缺失值比例超过一定阈值的feature）；
3. 缺失值填充（方法包括：随机森林、平均数、中位数、最小值、最小值的一半、0值）；
4. 数据归一化（方法包括：基于QC的支持向量回归、中位值、总面积归一化）；
5. 根据QC的RSD过滤feature；
6. 批间数据整合；
7. outlier识别与删除。

统计分析包括：

1. 单变量统计（包括双样本检验和多样本检验）；
2. 多变量统计（包括PCA、PLS-DA、OPLS-DA）；
3. 代谢物富集分析；
4. 相关性分析（包括pearson、spearman、kendall）；
5. 线性回归（包括简单线性回归和多元线性回归）；
6. Logistic回归（包括：二分类Logistic回归、无序多分类Logistic回归、有序多分类Logistic回归）；
7. 生存分析（包括Kaplan-Meier法和COX等比例风险回归）。

此外，平台有项目管理功能，为用户提供数据管理以及分析结果的管理。分析结果可在线浏览和交互；每个分析步骤的分析结果提供在线下载。