肺炎克雷伯菌可以分为三个序列簇（Brisse和Verhoef，2001），这些簇与当前的亚种划分无关。肺炎克雷伯菌通常存在于人和动物的肠道中。它可能与人类的多种病理过程相关联，例如社区获得性肺炎或医院内泌尿道感染。血清型K2是最常从患有泌尿道感染、肺炎或败血症的患者中分离出的K型。在动物中，肺炎克雷伯菌可能从母马的子宫炎、牛的乳腺炎或圈养猴子的全身性感染中分离出来。环境菌株通常比临床菌株利用更多的碳源，但往往不能利用D-阿多尼醇。菌株间的种内DNA相对再结合值约为80-90%。克雷伯氏菌（Klebsiellae）的分布广泛，不仅能在接收工业废水的水生环境中生存，还能在植物产品、新鲜蔬菜、富含糖和酸的食物、冷冻橙汁浓缩液、甘蔗废料、活树、植物及其副产品中找到其踪迹。它们与木材、锯末及受制浆造纸厂和纺织品整理厂排放工业废水污染的水域紧密相连。在森林环境中，克雷伯氏菌的分离株被证实参与降解亚硫酸盐木质素、鞣酸、松树皮和缩合单宁，或在活木、腐朽木、树皮或堆肥木中活跃。特别值得一提的是，克雷伯氏菌（Klebsiella）常见于多种植物的根部表面。其中，K. pneumoniae（肺炎克雷伯氏菌）、K. oxytoca（催产克雷伯氏菌）和K. planticola因具备固氮能力，被归类为共生固氮菌。然而，基于当前的分类体系，来源于植物的菌株需重新鉴定。严格意义上的K. pneumoniae（肺炎克雷伯氏菌）菌株中，与植物相关的菌株与那些引发严重人类感染的菌株存在显著差异。环境中的K. pneumoniae菌株多数能以5-酮戊糖为唯一碳源，且不会表现出K1到K6的荚膜类型。相反，与严重感染相关的菌株不能利用5-酮戊糖，并可能携带K1到K6及其他类型的荚膜（Grimont等人，1991年）。整体特征和属描述一致：直杆状，大小0.3–1.0 × 0.6–6.0 μm，单个、成对或短链排列；常常被荚膜包围。符合肠杆菌科的一般定义。革兰氏染色阴性。不运动（除K. mobilis外）。兼性厌氧，具有呼吸型和发酵型两种代谢方式。能在肉浸液培养基上生长（除了K. granulomatis，该菌种尚未被成功培养），产生或多或少呈穹顶状、有光泽的菌落，其粘性程度取决于菌株和培养基的组成。氧化酶检测结果为阴性。葡萄糖发酵产生酸和气体（产生的CO2多于H2），但也存在厌氧性菌株。大多数菌株在葡萄糖发酵过程中产生2,3-丁二醇作为主要终产物。Voges-Proskauer测试通常呈阳性。产生少量的乳酸、乙酸和甲酸，产生的乙醇量大于混合酸发酵。所有菌株都能利用L-阿拉伯糖、D-阿拉伯醇、D-纤维二糖、柠檬酸、D-果糖、D-半乳糖、D-葡萄糖、2-酮基葡萄糖酸、麦芽糖、D-甘露醇、D-棉子糖、D-蜜二糖、D-海藻糖和D-木糖作为唯一碳源。除了一些K. pneumoniae subsp. ozaenae菌株外，所有克雷伯菌株都能利用肌醇、L-鼠李糖和蔗糖作为唯一碳源。除了一些K. pneumoniae subsp. ozaenae和K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis菌株外，所有菌株都能利用乳糖和D-山梨醇作为唯一碳源。没有菌株能利用甜菜碱、癸酸、辛酸、戊二酸、衣康酸、3-苯基丙酸和丙酸。不产生H2S，不水解β-葡萄糖苷酸，不脱氨基L-色氨酸和L-组氨酸。除K. mobilis、K. ornithinolytica和罕见的K. pneumoniae菌株外，其他克雷伯菌株都不能脱羧鸟氨酸。大多数菌株能水解尿素和β-半乳糖苷。一些菌株能固氮。可在人和动物（如马、猪、猴子）的肠道内容物、临床样本、土壤、水或植物上找到。